开篇
十多年前，“九尾妖狐” 袭击木叶隐村，第四代火影以生命为代价将 “九尾” 封印在刚出生的鸣人身上。鸣人自幼被村民歧视，在伊鲁卡老师和三代目火影的鼓励下，他有了成为火影的梦想。之后，鸣人考入忍者学校，与佐助、小樱结识，三人在卡卡西老师的带领下组成第七班，开始执行各种任务。
中忍考试篇
木叶村与砂隐村联合举办中忍考试，然而大蛇丸和砂隐村的忍者联手破坏木叶村，三代火影在与大蛇丸的战斗中战死。佐助在考试中与宇智波鼬相遇，意识到自己实力不足。
佐助叛逃
佐助因渴望力量以向鼬复仇，决定投靠大蛇丸，在终结之谷与鸣人进行了一场激烈的决战后，佐助勉强获胜并叛离木叶，鸣人则跟从自来也外出修行。
疾风传
三代火影葬礼后木叶动荡，“晓” 组织开始活跃，波鼬、鬼鲛与九尾有过较量。鸣人修行归来，“晓” 组织的角都、飞段侵入火之国寻找人柱力，还杀死了猿飞阿斯玛的朋友地陆。此后剧情愈发紧张，鸣人与伙伴们不断成长，面临着来自 “晓” 组织等各方的威胁，佐助在复仇之路上越走越远，他向鼬复仇成功后，却得知了鼬灭族的真相，进而决定摧毁木叶。故事中，众人在忍者世界的争斗中不断成长，经历着友情、亲情与爱情的考验，为守护木叶村和忍者世界的和平而战。
